ある日、ジュエルランドにあったジュエル城が空から街に落ちて来た。
人々はジュエル城に入ろうとしたがどうしても入口を見つけられず、月日は流れて行く。
ジュエル城がすっかり街の風景と一体化していた中、ジュエル城が墜落する原因となった人間の「魔法を信じる心」を取り戻させるため魔法の修業を命じられたジュエルペット達が、雲母あいりが住む街に次々と現れる。
人間界ではジュエルペット達は魔法が使いこなせずにいたが、ジュエルペットが困難な状況に至った時、あいりが身に着けていたペンダント（後に名称が「マジカルストーン」と判明）が輝き、ジュエルペットは人間の姿に変身、強力な魔法で物事を解決できるようになる。
これにより、あいりはジュエルペット達と珍妙な日常を送ることになるが、どうやらこのマジカルチェンジがジュエル城、ひいてはジュエルランドを救う鍵であるようで…。